JR九州は、2022年4月27日、西九州新幹線の運賃・特急料金を国土交通大臣に認可申請しました。
西九州新幹線の普通運賃は、諫早~長崎間については、長崎本線として並行する在来線が存在するため長崎本線の営業キロと同一とし、480円とする旨の認可申請が出されました。その他の区間については、建設キロを営業キロとし、認可申請は出されていません。長崎〜武雄温泉間の全区間の運賃は、営業キロ69.9キロで1,310円です。
特急料金は、長崎〜諫早間が870円、諫早〜武雄温泉間が1,260円、長崎〜武雄温泉間が1,760円などとなっています。
JR九州は、今回の申請に合わせ、西九州新幹線「かもめ」と在来線リレー特急とを武雄温泉で乗り継ぐ際の特急料金も公表。武雄温泉で改札を出ずに乗り継ぐ場合の特急料金は、新
幹線と在来線の特急料金を各々1割引して合算した特急料金とします。
現行、特急「かもめ」で長崎〜博多間を乗車した場合の運賃・自由席料金は5,060円ですが、西九州新幹線「かもめ」と在来線リレー特急の乗り継ぎでは5,520円となります。