アルピコ交通は2021年8月13日(金)以降、九州から東日本の幅広い地域に影響をもたらしている豪雨の影響により線路に被害が発生しました。上高地線の松本〜新村間を8月14日(土)以降、終日運休しています。
上高地線で被害があったのは、長野県での雨量が増加した8月14日(土)で、河川増水により西松本~渚間の田川橋梁が被災、列車運行ができなくなっています。不通となっている松本〜新村間は8月16日(月)からバスによる代行輸送が実施されています。
バス輸送は、松本駅のアルプス口を発着、各駅に停車。上りは新島々5時44分発から21時12分発までの列車を対象に、下りは松本6時31分発から21時54発までの列車を対象に代行輸送が実施されています。