秋田内陸縦貫鉄道は、阿仁合駅で2017年12月から2018年3月末まで、改修工事を実施しています。新たに地域の観光拠点の機能を加え、待合スペースの拡大、案内所の設置、レストランの拡充を計画しています。
同駅は改修工事にともない、2017年12月27日(水)から工事中の駅舎隣に設けたプレハブ仮駅舎で営業しています。また、以前は駅舎内で営業していた「レストランこぐま亭」は2018年1月15日(月)11時から、仮駅舎手前の仮店舗で営業を再開します。
なお、同駅舎内の「観光案内所」と「売店」は、駅前の秋田内陸線資料館に移設され、2017年12月27日(水)から営業しています。